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研究人员使用深度测序来识别以前未描述的血管异常遗传变异

费城儿童医院 (CHOP) 的研究人员最近发现,对可能危及生命的血管异常患者的组织样本和无细胞 DNA 中的基因组进行极其彻底的“深度测序”,捕获了几种与疾病相关的遗传变异,而这些变异未被捕获传统的基因测序方法。超过 60% 的患者在接受与这些新发现的基因变异相关的靶向治疗后,病情有所改善。研究结果于 2023 年 6 月 1 日发表在《自然医学》杂志上。

血管异常描述了影响静脉、动脉和淋巴系统的各种病症,这些病症可归类为血管肿瘤(良性或恶性)或血管畸形。虽然某些血管异常会随着时间的推移自然消退,但其他血管异常会导致明显的畸形,阻碍吞咽或呼吸等重要器官功能,或引起剧烈疼痛。一些血管异常甚至可能危及生命。

在之前发表在《自然医学》上的一项研究中,CHOP 研究人员率先发现了导致影响淋巴系统的血管异常的基因变异,这使得临床团队能够重新利用现有药物来治疗改善呼吸的患者能力和显着减少他的腿肿胀,他的病情的副作用。

研究小组怀疑其他受血管异常影响的患者也可能有驱动疾病的突变,这些突变会从靶向治疗中获益。然而,无法获得受影响的组织样本或基因组测序信息不足意味着导致这些问题的基因变异可能无法通过常规基因检测捕获。

“虽然一些患者具有可以在血液样本中发现的遗传变异,但大约 90% 的血管异常患者具有获得性体细胞突变,或非遗传性突变,这些突变通常以非常低的频率出现,并且仅存在于某些细胞或组织类型,”高级研究作者 Hakon Hakonarson 博士说,他是应用基因组学中心主任和 CHOP 综合血管异常前沿项目的联合首席研究员。“在许多情况下,感兴趣的突变基因中的致病变异出现的频率低于 1%,这使得它们很难用传统的测序方法检测到。”

为了更好地捕捉这些更严重的血管异常背后的潜在遗传学,研究人员研究了来自 CD31+ 细胞的 DNA 或从 356 名患者(包括 104 名原发性复杂淋巴管异常患者)的淋巴液或血浆中分离的无细胞 DNA。

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